<!DOCTYPE html>
<html class="client-nojs vector-feature-language-in-header-enabled vector-feature-language-in-main-page-header-disabled vector-feature-page-tools-pinned-disabled vector-feature-toc-pinned-clientpref-0 vector-toc-not-available vector-feature-main-menu-pinned-disabled vector-feature-limited-width-clientpref-1 vector-feature-limited-width-content-enabled vector-feature-custom-font-size-clientpref-1 vector-feature-appearance-pinned-clientpref-0 skin-theme-clientpref-day vector-sticky-header-enabled" lang="de" dir="ltr"><head>
<meta charset="UTF-8">
<title>PAR-CLIP</title>
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
<link rel="icon" type="image/png" href="./_res_/favicon.png">
<link rel="canonical" href="https://de.wikipedia.org/wiki/PAR-CLIP"> <link href="./_mw_/ext.cite.styles.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<link href="./_mw_/ext.wikimediamessages.styles.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<link href="./_mw_/skins.vector.icons.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<link href="./_mw_/skins.vector.search.codex.styles.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<link href="./_mw_/skins.vector.styles.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<meta name="ResourceLoaderDynamicStyles" content="">
<link href="./_mw_/ext.gadget.citeRef.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<link href="./_mw_/ext.gadget.defaultPlainlinks.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<link href="./_mw_/ext.gadget.dewikiCommonHide.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<link href="./_mw_/ext.gadget.dewikiCommonLayout.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<link href="./_mw_/ext.gadget.dewikiCommonStyle.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<link href="./_mw_/ext.gadget.dewikiDarkmode.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<link href="./_mw_/ext.gadget.dewikiResponsive.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<link href="./_mw_/ext.gadget.specialSearch.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="./_mw_/site.styles.css">
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="./_mw_/noscript.css">
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="./_res_/footer.css">
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="./_res_/vector-2022.css">
</head>
<body class="skin--responsive skin-vector skin-vector-search-vue mediawiki ltr sitedir-ltr mw-hide-empty-elt ns-0 ns-subject page-PAR-CLIP rootpage-PAR-CLIP skin-vector-2022 action-view">
<div class="mw-page-container">
<div class="mw-page-container-inner">
<div class="mw-content-container">
<main id="content" class="mw-body">
<header class="mw-body-header vector-page-titlebar">
<h1 id="firstHeading" class="firstHeading mw-first-heading"><span class="mw-page-title-main">PAR-CLIP</span></h1>
</header>
<a id="top"></a>
<div id="bodyContent" class="vector-body ve-init-mw-desktopArticleTarget-targetContainer" aria-labelledby="firstHeading" data-mw-ve-target-container="">
<div id="contentSub">
<div id="mw-content-subtitle"></div>
</div>
<div id="mw-content-text" class="mw-body-content mw-content-ltr" lang="de" dir="ltr"><div class="mw-content-ltr mw-parser-output" lang="de" dir="ltr"><p><b>PAR-CLIP</b> (engl. <i><span lang="en">Photoactivatable-Ribonucleoside-Enhanced Crosslinking and Immunoprecipitation</span></i>, ‚Quervernetzung und Immunpräzipitation mit photoaktivierbaren Ribonukleotiden‘) ist eine Methode der <a href="Biochemie" title="Biochemie">Biochemie</a> zur Bestimmung von <a href="Protein-RNA-Interaktion" title="Protein-RNA-Interaktion">Protein-RNA-Interaktionen</a>.<sup id="cite_ref-pmid20371350_1-0" class="reference"><a href="#cite_note-pmid20371350-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Solche Interaktionen finden z. B. bei <a href="Ribonukleoprotein" title="Ribonukleoprotein">Ribonukleoproteinen</a> und <a href="Mikro-RNA" class="mw-redirect" title="Mikro-RNA">Mikro-RNA</a>-enthaltenden <a href="Proteinkomplex" title="Proteinkomplex">Proteinkomplexen</a> statt.
</p>
<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Prinzip">Prinzip</h2></div>
<p>Die PAR-CLIP besteht aus einer Kombination einer <a href="Ultraviolettes_Licht" class="mw-redirect" title="Ultraviolettes Licht">UV</a>-<a href="Vernetzung_(Chemie)" title="Vernetzung (Chemie)">Quervernetzung</a>, einer <a href="Immunpr%C3%A4zipitation" title="Immunpräzipitation">Immunpräzipitation</a>, einer teilweisen <a href="RNase" class="mw-redirect" title="RNase">Nukleolyse</a>, einer <a href="RT-PCR" class="mw-redirect" title="RT-PCR">RT-PCR</a> und einer <a href="DNA-Sequenzierung" title="DNA-Sequenzierung">DNA-Sequenzierung</a> im <a href="Hochdurchsatz" class="mw-redirect" title="Hochdurchsatz">Hochdurchsatz</a>. Die PAR-CLIP verwendet einen Einbau der UV-reaktiven <a href="Nukleosid" class="mw-redirect" title="Nukleosid">Nukleosid</a>-Analoga 4-Thiouridin (4-SU) und 6-Thioguanosin (6-SG) <a href="In_vivo" title="In vivo">in vivo</a>. Eine Bestrahlung der Zellen mit einer Wellenlänge von 365 nm führt zu einer Vernetzung mit den interagierenden Proteinen. Anschließend erfolgt eine Immunopräzipitation anhand des bekannten Proteins und eine RT-PCR der isolierten RNA. Die <a href="DNA-Sequenz" class="mw-redirect" title="DNA-Sequenz">DNA-Sequenzen</a> der erzeugten cDNA wird durch DNA-Sequenzierungen bestimmt.<sup id="cite_ref-pmid20371350_1-1" class="reference"><a href="#cite_note-pmid20371350-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-2" class="reference"><a href="#cite_note-2"><span class="cite-bracket">[</span>2<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>
</p><p>Die PAR-CLIP besitzt Ähnlichkeiten zur <a href="CLIP-Seq" title="CLIP-Seq">CLIP-Seq</a> und zur <a href="ICLIP" title="ICLIP">iCLIP</a>, welche ohne Nukleosid-Analoga auskommen. Der <a href="RIP-Chip" title="RIP-Chip">RIP-Chip</a> verwendet einen <a href="Microarray" title="Microarray">Microarray</a> anstatt der RT-PCR und der DNA-Sequenzierung. Die <a href="ChIP-Seq" title="ChIP-Seq">ChIP-Seq</a> dient zur Untersuchung von <a href="Protein-DNA-Interaktion" title="Protein-DNA-Interaktion">Protein-DNA-Interaktionen</a> und der <a href="ChIP-on-Chip" title="ChIP-on-Chip">ChIP-on-Chip</a> dient zur Untersuchung von Protein-DNA-Interaktionen mit einem Microarray anstatt der DNA-Sequenzierung.
</p>
<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Weblinks">Weblinks</h2></div>
<ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://starbase.sysu.edu.cn/">starBase database</a>: eine Online-Datenbank für RNA-Protein-Interaktionen. Abgerufen am 20. Juni 2013.</li>
<li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://dorina.mdc-berlin.de/">BIMSB doRiNA database</a>: eine Online-Datenbank für RNA-Protein-Interaktionen. Abgerufen am 20. Juni 2013.</li></ul>
<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Einzelnachweise">Einzelnachweise</h2></div>
<ol class="references">
<li id="cite_note-pmid20371350-1"><span class="mw-cite-backlink">↑ <sup><a href="#cite_ref-pmid20371350_1-0">a</a></sup> <sup><a href="#cite_ref-pmid20371350_1-1">b</a></sup></span> <span class="reference-text">Hafner M, Landthaler M, Burger L, Khorshid M, Hausser J, Berninger P, Rothballer A, Ascano M Jr, Jungkamp AC, Munschauer M, Ulrich A, Wardle GS, Dewell S, Zavolan M, Tuschl T.: <cite style="font-style:italic">Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP.</cite> In: <cite style="font-style:italic">Cell</cite>. 141. Jahrgang, <span style="white-space:nowrap">Nr.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>1</span>, 2010, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>129–141</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.03.009">10.1016/j.cell.2010.03.009</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20371350?dopt=Abstract">PMID 20371350</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2861495/">PMC 2861495</a> (freier Volltext).<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:PAR-CLIP&rft.atitle=Transcriptome-wide+identification+of+RNA-binding+protein+and+microRNA+target+sites+by+PAR-CLIP.&rft.au=Hafner+M%2C+Landthaler+M%2C+Burger+L%2C+...&rft.date=2010&rft.doi=10.1016%2Fj.cell.2010.03.009&rft.genre=journal&rft.issue=1&rft.jtitle=Cell&rft.pages=129-141&rft.pmc=2861495&rft.pmid=20371350&rft.volume=141.+Jahrgang" style="display:none"> </span></span>
</li>
<li id="cite_note-2"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-2">↑</a></span> <span class="reference-text">M. Hafner, M. Landthaler, L. Burger, M. Khorshid, J. Hausser, P. Berninger, A. Rothballer, M. Ascano, A. C. Jungkamp, M. Munschauer, A. Ulrich, G. S. Wardle, S. Dewell, M. Zavolan, T. Tuschl: <i>PAR-CliP--a method to identify transcriptome-wide the binding sites of RNA binding proteins.</i> In: <i>J Vis Exp.</i> (2010), Band 41. doi:pii: 2034.
10.3791/2034. <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20644507?dopt=Abstract">PMID 20644507</a>; <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3156069/">PMC 3156069</a> (freier Volltext).</span>
</li>
</ol></div><!--htdig_noindex--><div><div class="zim-footer">
Dieser Artikel wurde von <a class="external text" title="Zuletzt bearbeitet am 2023-04-19" href="https://de.wikipedia.org/wiki/?title=PAR-CLIP&oldid=232979361">Wikipedia</a> herausgegeben. Der Text ist unter <a class="external text" href="https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/deed.de">Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0</a> verfügbar, sofern nicht anders angegeben. Für die Mediendateien können zusätzliche Bedingungen gelten.
</div>
</div><!--/htdig_noindex--></div>
</div>
</main>
</div>
</div>
</div>
<script src="./_webp_/webpHandler.js"></script>
</body></html>